Die Stadt Klatovy wurde 1260 vom böhmischen König Premysl II. Ottokar auf dem wichtigen Handelsweg, der von Böhmen ins Bayerische führte, gegründet. Die neue Siedlung bekam einen Befestigungsring und einen bis heute gut erkennbaren, schachbrettartigen Grundriss mit einem quadratischen Martktplatz.
Die erste Blütezeit erlebte die Königliche Stadt schon im 14. Jahrhundert, als ihr böhmische Herrscher zahlreiche Privilegien erteilten. Auch in der Zeit des Hussitenkrieges spielte Klatovy eine wichtge Rolle. Damals unterstützte die Stadt den Bund der Taboriten unter der Führung von Jan Zizka. Aber erst das 16. Jahrhundert brachte die richtige Blütezeit. Dank des erfolgreichen Hopfenanbaus zählte man die Stadt zu dieser Zeit zu den reichsten Städten Böhmens. An diese Periode erinnert bis heute der imposante, 81 Meter hohe Schwarze Turm. Der nachfolgende Dreißigjährige Krieg aber nahm der Stadt leider den ganzen Ruhm und ihre Pracht. Eine neue Hoffnung erweckte die Ankunft der Jesuiten, die im 17. Jahrhundert ein neues Lateingymnasium gründeten und viele bis heute bewunderte, hochbarocke Baudenkmäler hinterließen. Nach 1685 gewann Klatovy dank dem Wunderbild der blutenden Madonna ein Zeichen der Besonderheit und die Stadt wurde zum Wahlfahrtsort, den tausende Pilger jährlich besuchten. Im 19. Jahrhundert wandelte sich die königliche Stadt zum Industriezentrum, gleichzeitig entstand die Tradition der Züchtung der Kleinblütennelken, die zahlreiche Preise auf den internationalen Ausstellungen gewannen.
Das Ergebnis der einzelnen historischen Perioden ist die heutige Stadt mit einer reichen Geschichte sowie einer lebendigen, kulturreichen Gegenwart. Eine Stadt, die auch im 21. Jahrhundert viel zu bieten hat.